Transparency International zverejnila obsah odpovede Komisie v stredu 14. októbra, list však dostala už 14. septembra. Podľa organizácie Generálne riaditeľstvo Komisie pre poľnohospodárstvo dospelo po posúdení informácií od českých úradov k záveru, že Babišova situácia predstavuje konflikt záujmov podľa finančných pravidiel EÚ. Opatrenia, ktoré Praha Komisii oznámila, podľa listu na jeho vyriešenie nestačia.
Spor sa týka najmä Babišových väzieb na koncern Agrofert, ktorý podniká v poľnohospodárstve, potravinárstve a chemickom priemysle a čerpá verejnú podporu. Babiš presunul spoločnosť do zvereneckého fondu RSVP Trust a tvrdí, že ju už nevlastní ani z nej nemá prospech. Záver Komisie odmieta.
Komisia podľa zverejneného obsahu listu uviedla, že na ochranu peňazí EÚ môže prerušiť lehoty na platby, pozastaviť platby alebo uplatniť finančné opravy. Sú to možné ďalšie opatrenia, nie oznámenie, že Brusel teraz zastavil všetky dotácie pre Agrofert či celé Česko.
Časť financovania už však Komisia pozastavila skôr. V septembri prerušila proces preplatenia približne 3,18 milióna eur z poľnohospodárskych fondov spojených s Agrofertom. Neznamená to automatické zastavenie všetkých poľnohospodárskych platieb ani konečné rozhodnutie o ďalších sumách.
Komisia bude ďalej sledovať, či české pravidlá a kontrolné mechanizmy dokážu konfliktu záujmov zabrániť. Pre český štátny rozpočet je dôležité aj to, či Brusel napokon preplatí výdavky, ktoré české úrady pri podpore firiem už uhradili.